全院科技開發工作以科研為依托，以市場為導向，先后建立了甘肅省科學院科技開發中心等一批科研開發實體，初步形成了開發格局。西部大開發戰略實施以來，開展了全方位、多層次的院地院企合作，積極服務于地方經濟建設和企業技術創新。產值大幅遞增，2004年達到2700余萬元。同時，進一步加大科技開發力度，加強了磁力泵、固定化酵母等國家重點技術開發基地建設，并研制開發了一批技術先進、市場前景良好的產品，太陽能熱水器、全自動變頻調速供水裝置、供暖鍋爐微機監控系統等產品形成批量生產。